La Secretaría de Asuntos Administrativos y de Seguridad de la Presidencia de la República, fue creada en el año 2000, como cumplimiento de uno de los acuerdos de paz, específicamente el de Fortalecimiento del Poder Civil y Función del Ejército en una sociedad democrática. Su función surge como resultado de la extinción del Estado Mayor Presidencial, ente encargado de la seguridad y logística del Presidente y Vicepresidente de la República, sus respectivas familias y Ex mandatarios.